Arbeiten, in denen die Phonologie zweier (mehr oder weniger) beliebiger Sprachen allgemein miteinander verglichen wird, fallen mir gerade nicht ein. Ich würde schätzen, dass das so, wie du es glaube ich meinst, (abgesehen von vergleichenden Grammatiken) mehr der Inhalt von Hausarbeiten ist, die ja meistens eher in Schubladen als im Internet landen. Es gibt natürlich schon einiges an Forschungsliteratur zum phonologischen Vergleich, da geht es dann aber meistens um ganz konkrete Fragestellungen (etwa aus der Sprachtypologie, der Sprachkontaktforschung oder der kontrastiven Linguistik) und der Aufbau ist an dieser Fragestellung ausgerichtet. Hier kann ich nichts Konkretes empfehlen; stattdessen wäre mein Vorschlag, nach den Sprachen oder Sprachfamilien, um die es geht, in Verbindung mit Stichwörtern wie "comparative study" o.Ä. zu suchen und ein bisschen quer zu lesen.
Mein Schwerpunkt liegt eher in der Sprachtypologie, daher wäre mein persönlicher Ansatz bei so einer Aufgabenstellung, die Sprachen zunächst typologisch zu charakterisieren und herauszufinden, was spannende Aspekte sein könnten. Im Aufbau würde ich persönlich mich grob an denen deskriptiver Grammatiken orientieren und dann interessanten Aspekten etwas mehr Raum geben. Dabei kann ggf. ein allgemeines Lehrbuch wie
Vilupillai (2012), das auch ein Phonologie-Kapitel enthält, helfen, einen allgemeinen Eindruck zu bekommen, was man sich so anschauen kann und worauf es sich zu fokussieren lohnt. Auch die Phonologie-Kapitel in
WALS können vielleicht als Inspiration interessant sein. Das ist aber jetzt nur ein möglicher Ansatz. Was genau du betrachten kannst, hängt ja auch ein bisschen von deinen Vorkenntnissen in der Phonologie ab. Auch kann ich nicht abschätzen, was die Anforderungen sind.